Maan suurimman lentoyhtiön Japan Airlinesin (JL) päämaja on Tokiossa. Se lentää tauotta noin 60 kotimaan kohteeseen ja yli 30 kansainväliseen kohteeseen Aasiassa, Euroopassa, Oseaniassa, Pohjois-Amerikassa ja Etelä-Amerikassa. JL kuuluu oneworld-allianssiin ja sillä on myös codeshare-sopimus noin 30 muun lentoyhtiön kanssa. Yhtiöllä on neljä matkustajapalveluluokkaa: First Class, Executive Class (vastaa businessluokkaa), Premium Economy Class, Class J (turistiluokka, jossa on tavallista leveämmät istuimet) ja Economy Class. Sen kalustoon kuuluu kahden, kolmen ja neljän matkustamon lentokoneita. Japan Airlinesin tärkeimmät keskuslentokentät ovat Tokion Hanedan lentoasema (HND) ja Naritan kansainvälinen lentoasema (NRT).